В 2009 году на территории Энгельсского муниципального района действовало 19 муниципальных целевых программ:

1. Муниципальная программа «Охрана окружающей среды и рациональное использование природных ресурсов на 2005-2010 годы» (Решение Энгельсского муниципального Собрания депутатов от 27.12.2004 № 836/51-02).
2. Муниципальная целевая программа «Комплексные меры противодействия злоупотреблению наркотиками и их незаконному обороту в Энгельсском муниципальном районе» на 2007-2009 годы (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 01.03.2007 №190/15-03).
3. Муниципальная целевая программа «Развитие дошкольного образования на территории Энгельсского муниципального района на 2008-2010 годы» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 01.11.2007 № 362/27-03).
4. Муниципальная целевая программа «Развитие сельскохозяйственной потребительской кооперации в Энгельсском муниципальном районе до 2010 года» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 01.11.2007 № 363/27-03).
5. Муниципальная целевая программа «Развитие физической культуры и спорта в Энгельсском муниципальном районе» на 2008-2010 годы. Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 28.02.2008 № 474/35-03.
6. Муниципальная целевая программа «Развитие сельскохозяйственного производства на территории Энгельсского муниципального района» на 2008-2012 годы (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 28.02.2008 №475/35-03).
7. Муниципальная целевая (комплексная) программа «Обеспечение населения Энгельсского муниципального района доступным жильем и развитие жилищного строительства на 2008-2010 годы» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 28.02.2008 №476/35-03).
8. Муниципальная целевая программа «Противодействие коррупции в органах местного самоуправления Энгельсского муниципального района Саратовской области на 2008-2010 годы» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 27.03.2008 №504/37-03).
9. Муниципальная целевая программа «Развитие образования» на 2009-2011 годы (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 25.12.2008 № 715/56-03).
10. Муниципальная комплексная программа «Молодёжь Энгельсского муниципального района» на 2009-2011 годы (Решение Собрания депутатов ЭМР от 25.12.2008 № 716/56-03).
11. Муниципальная целевая программа «Развитие материально-технической базы муниципальных учреждений здравоохранения Энгельсского муниципального района» на 2009 год (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 25.12.2008 №720/56-03).
12. Муниципальная целевая программа «Развитие материальной базы учреждений культуры Энгельсского муниципального района» на 2009 год (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 29.01.2009 № 747/58-03).
13. Муниципальная адресная программа «Переселение граждан Энгельсского муниципального района из аварийного жилищного фонда в 2009-2010 годах» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 18.02.2009 № 761/59-03).
14. Муниципальная целевая программа «Поэтапный переход на отпуск коммунальных ресурсов потребителям в соответствии с показателями коллективных (общедомовых) приборов учета на 2009-2011 годы» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 18.02.2009 № 762/59-03).
15. Муниципальная целевая программа «Адресная программа по проведению капитального ремонта многоквартирных домов на территории Энгельсского муниципального района на 2009 год» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 18.02.2009 № 763/59-03).
16. Муниципальная целевая программа «Профилактика правонарушений на территории Энгельсского муниципального района на 2009-2011 годы» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 26.03.2009 № 804/62-03).
17. Муниципальная целевая программа «Повышение энергоэффективности использования ТЭР организациями коммунального комплекса и учреждениями бюджетной сферы Энгельсского муниципального района на 2009 год» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 30.04.2009 № 828/66-03).
18. Муниципальная целевая программа «Комплектование книжного фонда библиотечной системы Энгельсского муниципального района» на 2009 год (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 23.07.2009 № 906/76-03).
19. Муниципальная целевая программа «Реформирование муниципальных финансов Энгельсского муниципального района на 2009-2010 годы» (Решение Собрания депутатов Энгельсского муниципального района от 29.10.2009 № 964/80-03).